Lara Croft on tapaamisessa Intiassa. Hän istuu pöydän äärellä vanhan tuttavansa Larsonin kanssa. Larson esittelee tietokoneyhteyden välityksellä Laralle tämän uuden työnantajan, Natlan. Natla esittelee Laralle työtarjouksen, josta hän ei voi kieltäytyä. Kadonneen Scionin etsiminen; Natla Technologies on löytänyt Vilcabamban kylän, ensimmäisen avaimen aarrejahtiin.

Lara matkustaa Peruun ensitöikseen. Hän on saapunut Vilcabamban kylän porteille, apunaan opas. Hän lukee kertaalleen isänsä muistikirjaa, jossa hänen isänsä on vakuuttunut Atlantiksen olevan sivilisaation kehto ja Lara saattaa olla ainoa joka pystyy sen löytämään. Opas kiipeää ylös porteille ja Lara etsiytyy myös ylös. Porttien auetessa, jotain tulee kohti sisältä. Susilauma hyökkää oppaan päälle, tappaen tämän, ennen kuin Lara ehtii hätiin. Lara tappaa sudet ja astuu eteenpäin Vilcabamban porteista.

Muinainen kylä on koskematon, ehkä vuosisatoihin, ellei tuhansiin. Vain villieläimet asuttavat alkeellista kylää, jonka siimeksessä sijaitsee Qualopecin hauta. Qualopec oli aikoinaan yksi Atlantiksen kolmesta hallitsijasta ja tarun mukaan, Qualopec haudattiin Scionin osan kanssa. Tie hautaan ei ole kuitenkaan aivan yksinkertainen ja Laran täytyy selvitä vaarallisista ja monimutkaisista haasteista. Vilcabamban kylä etenee kohti laaksoa, jossa dinosauruksetkin elävät vielä. Muinainen pato on suljettava jotta Qualopecin haudan suu paljastuu ja tie vie vain dinosaurusten valtakunnan läpi.

Qualopecin hautakammio on mahtava inkojen aikainen temppeli, jonka sydämeen ei pääse kuitenkaan vain astelemalla. Laran on selvitettävä tiensä muinaisten ansojen ja arvoitusten läpi, sillä Scion on suojattu, ehkä kuitenkin Laralle arvoituksellisista syistä. Astuessaan hautaan, Qualopec hallitsijan tuolissaan ja kaksi hänen vartijaansa, seisovat hiljaisuudessa. Lara lukee seinien kirjoituksen, joissa kerrotaan Qualopecin olleen jumalkuningas, yksi Atlantiksen hallitsijoista. Lara astuu lähemmäs Qualopecia ja tuijottaa tämän kasvoihin. Samassa toinen vartijoista herää ja kaatuu maahan. Lara nappaa Scionin ja poistuu haudasta. Hetken Lara on näkevinään Qualopecin heränneen henkiin, mutta haudan suu sortuu ja Lara poistuu paikalta.

Palatessaan Vilcabambaan, Laralla on odottelija. Larson seisoo vesiputoksen vierellä ja käskee Laran antamaan löytämänsä Scionin hänelle, hän jatkaa eteenpäin. Lara toteaa Larsonille, että toivottavasti Natla on lähettänyt hänet mukanaan enemmän kuin käsissään oleva haulikko. Lara ja Larson joutuvat käsirysyyn ja Lara pääsee niskan päälle. Hän tenttaa Larsonilta toisista Scionin osista ja Larson paljastaa toisen jäljillä olevan myös Laran vanhan tutun, Pierre DuPontin. Larson ei kuitenkaan tiedä, missä Pierre on. Larson yrittää vielä viimeistä hyökkäystä, mutta Lara potkaisee häneltä tajun kankaalle.

Tietämättään seuraavan Scionin olinpaikkaa, Lara matkaa Natla Technologiesin toimistolle. Hän murtautuu Natlan toimistoon yön varjoissa ja löytää vanhat videokonferenssit. Hän avaa ensin Larsonin tallennetun viestin, jossa Larson seuraa Laraa ja on huolissaan siitä, että tuoko Lara Scionin palasta. Natla toteaa Laran olevan liian pakkomielteinen, että jättäisi Scionin jälkeensä. Seuraavaksi hän avaa Pierren viestin, jossa Pierre seisoo luostarin edessä. Seuraava Scionin olinpaikka on löydetty, St. Francisin luostarin alapuolella.

Lara matkustaa Kreikkaan, jossa luostari sijaitsee. Laran isä uskoo, että Scion pitää sisällään niin mahtavia tietoja, että edes Aleksandrian kirjasto ei pysty samaan tietomäärään. Hän myös uskoo, että tietojen avulla, hän saattaisi löytää vastauksen siihen, mitä tapahtui Amelialle, Laran äidille. Lara kiipeää luostarin porteille ja huomaa Pierren roskanneen luostarin edustan. Hän astuu sisään luostariin ja saa ensimmäiseksi päälleen leijonien hyökkäyksen.

.... JATKUU PIAN ....