Näemme alkuvideon New Mexicon Los Alamosista, jossa salaperäinen kiekko ilmestyy maan alta, ydinasekokeilujen seurauksena. Tömähtäessään maahan, kiekko paljastaa sisältään jotain omituista; syväjäädytetyn naisen.

Lara on saapunut Kalkuttaan ja on juuri saanut valmiiksi kirjansa isojalasta. Hän on saapunut Natlan pyynnöstä tämän työhuoneeseen ja saa houkuttelevan ja rahakkaan työtarjouksen itse Jaqueline Natlalta internetin välityksellä. Itse tarina työtarjouksen takana on myös erittäin houkutteleva..

Kauan kauan sitten, kun Atlantiksen suurvaltakunta vielä kukoisti, oli sillä kolme haltijaa. Natla, Qualopeq ja Tihocan. Näiden hallitsijoiden tunnuksina oli Scionit, joita oli kolme kappaletta. Scioneilla sanottiin olevan voimia, jotka ylittivät myös luojamme voimat. Eräs näistä hallitsijoista käytti kuitenkin asemaansa väärin. Hänet syväjäädytettiin, jotta hän kärsisi ikuisen kiirastulen. Mitä Scioneihin tulee, ne vietiin maailman eri kolkkiin, jotta kukaan ei koskaan saisi niitä käsiinsä.

Lara on heti mukana. Mikä olisikaan parempi tapa viettää päivät, kuin etsiä Atlantiksen kadonnutta saarta? Ensimmäinen Scion sijaitsee Perussa, Andien vuoristossa jossa tarunhohtoiset inkakylät sijaitsevat. Lara matkaa Perun inkaluolien ja kylien läpi, päästäkseen Qualopecin haudalle, jossa ensimmäinen Scion sijaitsee.

Qualopecin hauta johtaa hänet edelleen St. Francis Folly luostariin, Italiaan. Munkin kirjoittivat kirjaa siitä, kuinka luostarin alapuolella oli hauta, johon oli piilotettu jotain sanoin kuvaamattoman voimakasta. Joka ilta, he ruoskivat itseään, jotta eivät olisi antaneet periksi kiusaukselle. Lara löytää tien St. Francis Follyn alle, jossa sijaitsee Tihocanin hauta ja toinen Scion.

Lara matkaa seuraavaksi Egyptiin, kuninkaiden laaksoon, jossa viimeisen Scionin pyhäkkö pitäisi sijaita. Lara löytää kuin löytääkin matkansa temppeleiden ja hautojen läpi tuonne mystiseen pyhäkköön. Kun hän astuu päivänvaloon, saa hänen seikkailunsa uuden käänteen. Natla ja hänen kätyrit ovat Laraa vastassa, muttei onnittelumielessä. He ottavat Laralta Scionit ja Natla määrää Laran tapettavaksi. Ei Lara kuitenkaan jää neuvottomaksi, vaan pakenee ja lähtee Natlan huvijahdin perään.

Huvijahti rantautuu Atlantiksen rannalle. Kuten tarinassa kerrottiin, Atlantiksen kadonneen valtakunnan pyramidi avataan mystisillä Scioneilla. Atlantiksella toimii Natla Technologiesin kaivaukset, jotka ovat jo kaivaneet pyramidia esiin. Lara menee näiden kaivausten läpi kohti Atlantiksen Pyramidia. On selvinnyt muutama asia. Natla, Laran palkannut nainen, on yksi näistä mystisistä Atlantiksen hallitsijoista. Juuri se, joka syväjäädytettiin. Hallitsijatovereidensa kuoltua ja Natla ainoana elossa olevana hallitsijana, on hänen suunnitelmana herättää Atlantiksen kadonnut valtakunta henkiin. Natla on luonut itselleen evoluutiota kehittämällä oman mutanttiarmeijan, joka myös hidastaa Larankin tietä.

Selvitettyään tiensä pyramidin sydämeen, Natla on jo herättänyt henkiin jotain kauheaa… Natla on Scioneiden avulla vapauttanut suuren kuningatarmutantin ja Laralla ei ole muuta vaihtoehtoa, kuin päästä otuksen ohi. Natla itse tippuu Atlantiksen alapuolella olevaan laavaan, mutta Laran on selvittävä ulos. Hän päihittää otuksen ja lähtee etsimään tietä ulos. Eteen tulee kuitenkin muutamia yllätyksiä, sillä demoni-Natla on herännyt henkiin ja se on viimeinen este Laran tiellä. Lara onnistuu hoitamaan Natlan pois päiväjärjestyksestä. Samassa, Atlantiksen pyramidi alkaa luhistumaan. Lara nappaa Scionit ja juoksee ulos pyramidista. Hän kerkeää juuri ja juuri Natlan huvijahdille ja lähtee huimaa vauhtia kohti Lontoota.