Jossakin päin Egyptiä... Lara ja hänen oppaansa Ahmed matkaavat kamelien selässä keskellä porottavaa aavikkoa. He tulevat haudan sisäänkäynnille ja Lara vetää löytämästään vivusta. Maa sortuu heidän alla ja he liukuvat alas hautaan. Lara on löytänyt, ties kuinka kauan kadoksissa olleen, Sethin haudan. Tapahtumat kuitenkin muuttuvat ilosta kauhuksi, kun Lara huolimattomasti vapauttaa muinaisen vihan Jumalan.

Tuodessaan Sethin vankina pitäneen Ankh -avaimen ulos ja lukiessaan siihen kaiverrettua tekstiä, taivas pimenee ja tuulen nopeus kasvaa. Samassa, miehet ajavat jeepeillään Laran luo ja tulitaistelu alkaa. Lara ajaa jeepillä miesten perässä kohti Kuninkaiden Laaksoa. Kuninkaiden laakson läpi, Von Croyn miehet jahtaavat Laraa ja ovat tehneet sulun Niilin joelle mutta Lara kaasuttaa joella olevalle lautalle niin että rysähtää. Hän on turvassa. Matka jatkuu kohti Laran ystävän, Jean-Yvesin kotia. Ystävien kohtaamisen jälkeen Lara näyttää Jean-Yvesille amuletin, jonka perässä myös Von Croy on, ja joka vapautti Sethin haudastaan. Jean-Yves ihastelee amulettia ja sanoo sen olevan Legendaarinen. "Olet siis löytänyt ja avannut Sethin haudan... Tämä ei tiedä hyvää." Hän kääntää Hepreankielestä, "Hän joka poistaa amuletin, jälleen kerran päästää vapaaksi Sethin pahat voimat. Ja Seth sanoi, 'Minä olen varjo auringon edessä. Minä olen ruttojen tuoja. Minun vihani täyttää kaikki maat ja sitä ei voi hävittää'." Jean kertoo Laralle, että seremonia on suoritettu, kun Horuksen haarniska kutsuu Auringon Jumalaa. Alexandrian kaivauksen miehet puhuvat pelonsekaisesti tästä. Lara epäilee haarniskan olevan myös Von CRoyn tähtäimessä. Lara lähtee laittamaan asiat oikeaan järjestykseen.

Laran matka jatkuu Karnakiin. Suuren temppeliraunioiden luokse, hän pysäköi jeeppinsä. Karnakin temppeli kätkee sisälleen Auringon Jumalan patsaan ja tämä on tärkeä etappi Laran matkassa. Karnakin kautta hän löytää sisäänpääsyn Semerkhetin hautaan. Semerkhet on Horuksen ylipappi. Laitettuaan Horuksen Amuletin - Ankhin - haudan sisäänkäynnille avatakseen sen ovet, tuttu ääni kuuluu kulman takaa. Von Croy. Werner huutaa kulman takaa, että Lara kuulostaa huolestuneelta. Onko hän ehkä jättänyt jotain vartioimatta? Lara vastaa ettei mitään, mitä ei saisi takaisin myöhemminkin. Lara vetää aseensa esille ja ampuu Werneriä. Von Croy vetää amuletin seinästä ja Lara jää haudan sisään.
Ulkopuolella, pimeys laskeutuu hetkeksi, ja Sethin sakaalipatsas herää hetkeksi eloon, ja punaisena hohtava Seth välähtää sen päällä.

Lara ei kuitenkaan lannistu jäädessään lukituksi hautaan. Jokatapauksessa hänen on tutkittava paikka. Semerkhetin hauta on kovin ansoitettu ja Lara pelaa haudassa itse Semerkhetiä vastaan jättimäistä peliä nimeltä Semet. Haudan loppuosassa, Lara löytää kammion, jossa on kirjoitusta. Kirjoituksessa lukee: "Minä olen palvellut Valon Jumalaa, Horusta, vitsausten kautena. Tämä kirjoitus luettuna tarkoittaa, että Pimeyden Ruhtinas on vapaa. Set on vapautettu kulkemaan kuolevaisten joukossa, keräten pimeyden armeijaa seuraamaan häntä. Hän, joka poistaa amuletin ja vapauttaa Sethin pimeät voimat, on kutsuva Auringon Jumalan, Horuksen, jonka valon voima sulkee Sethin jälleen vankeuteen." Semerkhet jatkaa käärön lukemista... "Amuletin ja Haarniskan voimalla, on Seth tuomittu vankeuteen iankaikkisesti." "Kutsu Horuksen valo ja tähtikuvioiden valo hänen temppeliinsä, joka on ajattoman pyramidin alla. Hänen amuletin ja haarniskan avulla, hän on taas kykenevä taisteluun Sethiä vastaan."... Lara jatkaa matkansa Semerkehtin vartijan ohi ja löytää oppaansa, joka petti Laran. Hän hiipii miehen taa ja käskee tätä nostamaan kädet niskan taa. Lara tivaa häneltä, mihin Von Croy on matkalla. Opas vastaa hänen menevän Alexandriaan. Lara hyppää jänikseksi tavarajunaan, joka on matkalla kaupunkiin.

Alexandriassa, on myös Jean-Yvesin toimisto, joten Lara pääsee taas pyytämään häneltä neuvoa. Jean-Yves hämmästyy nähdessään Laran, mutta Lara kertoo Von Croyn saaneen amuletin käsiinsä. Jean kauhistelee tätä, mutta huojentuu kuitenkin sillä että Croyllä ei ole vielä haarniskaa. On vielä aikaa. Lara kertoo olevansa hirveän väsynyt, mutta Jean kertoo että nyt ei ole levähdyksen aika. On toimittava nopeasti. Jean kertoo Laralle Kleopatran löydetystä temppelistä. Hän kertoo Kleopatran tajunneen haarniskan merkityksen ja toi sen turvaan. Osina tosin. Lara kysyy mistä hänen olisi järlevä aloittaa ja Jean kertoo, että Katakombit Alexandrian alla vievät sinne. Hänen miehensä ovat löytäneet Suuren kirjaston kammiot. Tosin, nyt kuvioihin on astunut Von Croy. Laran täytyy siis toimia yksin ja nopeasti, ennen kuin Von Croy saa haarniskan.

Lara löytää tien rannikkokaupungin, Isiksen temppelin, Poseidonin temppelin ja Katakombien kautta Kadonneeseen kirjastoon. Demetricuksen huoneessa, hän törmää jälleen Von Croyhyn. Lara lukee kirjoitusta joka kertoo Kairon tapahtumista. Von Croy ilmaantuu paikalle ja kysyy onko lukeminen kiinnostavaa. Heidän keskustelu siirtyy haarniskaan ja Von Croy osoittaa kiinnostuksensa mitä seremonian viimeistelyssä tapahtuu. Tapahtumat, jotka ovat ottaneet paikkansa jo ennen raamattua. Ärtynyt Lara muistuttaa että panoksena on paljon muutakin, kuten maailmanloppu. Von Croy sanoo, ettei usko sen kaltaisiin hokkuspokkustarinoihin. Lara pakenee.

Lara löytää tiensä Kleopatran koskemattomaan, upeaan temppeliin. Sieltä hän löytää Haarniskan kaksi osaa. Hän palaa takaisin Alexandriaan. Jean-Yves on kidnapattu. Hänen työpöydällä on kirjoituspaperi. "Onneksi olkoon! Olet selvinnyt jälleen taistellaksi yhden päivän. Otaksun, että sinulla on nyt Haarniskan kaikki osat. JEan-Yves saattaa meidät Kairoon, vaikkei sitä ehkä itse haluaisikaan. Yksinkertainen vaihtokauppa. Hänen henkensä Haarniskaa vastaan. Älä mieti liian kauaa. Terveisin Werner". Lara pyrähtää matkaan ystävänsä moottoripyörällä. Sillä välin, helikopterit, joissa liehuu Egyptin lippu, lentävät nelipyöräisen kulkueen yläpuolella johon kuuluu myös Von Croyn auto. Matkallaan, heidän päälleen iskee heinäsirkkaparvi, yksi Egyptin vitsauksista. Auton sisällä, Von Croy näyttää todellisen karvansa. Seth vilahtaa von croyn ruumiissa. Ilmeisesti, he ovat löytäneet yhteisen sävelen...

Lara matkii Kuolleiden Kaupungin halki, löytääkseen ystävänsä. Hän kohtaa pimeillä kaduilla niin Von Croyn sotilaita, kuin mystisiä olentoja. Hän myös löytää yhden loukkaantuneen sotilaan, joka auttaa Laraa. Lara tulee Linnoituksen portille, jota vartioi jonkinlainen tultasyöksevä Sethin olento. Linnoituksen sisällä, odottaa Jean-Yves sidottuna pilariin. Jean-Yves huokaisee helpoituksesta että Lara on kunnossa. Jean-Yves myös kertoo kauhistuneena, että Seth on ottanut Von Croyn valtaansa. Hän sanoo myös että Croy kaivaa ristiretkeläisten kammiota esiin linnoituksesta, saadakseen seremonialaatan esiin. Kaivauksilla, Von Croy on löytänyt laatan, jossa on Sethin sulkemiseen tarvittavat loitsut. Von Croy käskee kätyreiden valmistella kaiken ja varmistamaan että Croftin nainen tuo haarniskan.

Lara tapaa Von Croyn jolla on mukanaan punasilmäisiä koiria. Von Croy ehdottaa Laralle, että antaa ne haarniskat. Lara kysyy, että mitä hän saa siitä. Von Croy lupaisi Laralle, uskomattomat voimat, hallita elämää ja kuolemaa. Lara ehdottomasti kieltäytyy ja pakenee paikalta, ottaen Horuksen amuletin takaisin ja sulkien samalla Von Croyn huoneeseen. Matka jatkuu kohti Gizan pyramideja, etsimään Horuksen temppeliä.

Lara etsii vihjeitä matkalleen muista pyramideista ja Sfinksin luota. Hän ei tapaa Von Croyta ja saa etsiä vastaukset ilman häiriöitä. Hänellä on kaikki tarvittava. Hän vihdoin pääsee Suurelle Pyramidille ja sen alapuolelta löytyy vihdoin Horuksen temppeli. Kaiken alku ja loppu. Lara viimeistelee seremonian, asettamalla haarniskan ja siihen amuletin. Hän kutsuu Horuksen. Taivaalta muodostuu valohaukka, joka sukeltaa pyramidin sisälle. Se syöksyy patsaaseen ja herättää Jumala Horuksen henkiin. Sitten ulkona muodostuu suuri parvi heinäsirkkoja. Ne tunkeutuvat pyramidin tunneleista sisään ja törmäävät Horukseen. Jumala räjähtää ja kutsuttu energia katoaa. Seth naurahtaa että hänen serkkunsa on jälleen palannut tähtiin. Se on hän, joka hallitsee maailmaa jälleen kerran. Hän käskee Laraa polvistumaan eteensä jos haluaa elämänsä säästyvän. Laran on otettava ohjat käsiinsä. Hän etsii räjähdyksessä hukkaanjoutuneen amuletin. Löydettyään sen, hän kiipeää huoneen yläosiin, jossa on mekanismi. Hän asettaa amuletin mekanismiin. Ovi sulkeutuu ja selkeää Sethin huoneeseen. Temppeli alkaa sortumaan.

Ulkona, kuu laskeutuu ja aurinko nousee. Lara linkuttaa pyramidin suuaukolta hengästyneenä. Tunneli on romahtamaisillaan. Ulko-ovelle ilmestyy varjo. Von Croy. Hän näyttää palanneen ennalleen. Croy viittilöi Laralle.
Croy: "Tule nopeasti tyttöseni, tunneli romahtaa!"
Lara: "Tulit takaisin, Werner?"
Croy: "Ei ole aikaa! Lara, anna kätesi!"
Lara yrittää syöksähtää oviaukolle ja saa juuri ja juuri kiinni reunasta kun lattia romahtaa.
Croy: "Ota käsistäni! Vedän sinut turvaan!"
Lara: "Ihana nähdä sinua taas, Werner..."
Croy: "En voinut jättää sinua!"

Mutta ennen kuin Croy saa Larasta kiinni, tunneli romahtaa ja kiviä lentää joka paikkaan. Von Croy ehtii turvaan, mutta Lara tippui hautaan ja jäi sisälle vangiksi. Von Croy kääntyy kohti hautaa, ottaa hattunsa pois ja kumartaa.