On löydetty käsikirjoituksia, jotka kertovat Moctezuma II vallan lopun. Näissä käsikirjoituksissa on myös paljastettuna muinaisen taianomaisen kiven, Nightmare Stonen kuvaus, jonka sisässä uinuu pahan jumalan Quaxetin henki. Muinoin, Quaxet hallitsi Atsteekkien, Mayojen ja Inkojen maita. Niin kauan, kunnes nämä 3 kulttuuria yhdistyivät tuhotakseen hänet. Ylipappi jokaisesta heimon maasta voitti pahan hengen ja sinetöi tämän kristallikuulaan. Kuula sai nimekseen Nightmare Stone. Sitten, he sinetöivät Nightmare Stonen obeliskiin ja piilottivat sen syvälle temppelin uumeniin, jottei kukaan saisi kiveä koskaan käsiinsä.
Perulainen kuraattori Illiat ottaa yhteyttä Laran hyvään ystävään, professori Igor Bowmaneen. Illiat varoittaa professoria, että tietyt järjestöt ovat kyselleet muinaisten käsikirjoitusten sijaintia. Koska Illiat ei luottanut kyselijöihin, hän ei kertonut näille mitään. Jotta kukaan näiden järjestöjen jäsenistä ei saisi kiveä, Bowman lähettää Laran Peruun hakemaan kiveä. Tarkoituksena oli, että Lara tapaa Illiatin Perussa, sen muinaisen temppelin sisäänkäynnillä, jossa kristallikuulan, eli Nightmare Stonen pitäisi olla piilotettuna. Temppelin edessä, kukaan ei kuitenkaan ole Laraa vastassa. Lara katselee ympärilleen ja löytää Illiatin rikkoutuneet silmälasit sekä merkkejä tappelusta. Lara huomaa sitten kosteaan maahan painuneet kengänjäljet. Hän lähtee seuraamaan niitä, muttei löydä sisäänkäyntiä. Lara alkaa siirrellä kiviä ja yhtäkkiä temppelin sisäänkäynti on hänen edessä. Lara astuu sisään ja ovi sulkeutuu hänen takanaan…
